立教女学院小学校を卒業した児童は、校長推薦により原則立教女学院中学校に進学します。
高等学校進学後には学校生活を通して視野を広げ、自分の生き方を模索し、適性に基づいて具体的な進路を選ぶように指導しています。
立教大学への推薦制度があり、所定の要件を満たせば立教大学に推薦入学することができます。（2024年度高校3年生より受け入れ総枠201名）
医歯薬系をはじめとする理系の大学・学部や、自分の希望する大学へ進学するため、受験に臨む生徒も多くいます。高2・3でのコース制により、様々な進路をめざす生徒の学力向上を十分に支援しています。

（ご参考：立教女学院中学校・高等学校「進路指導プログラム」）